Но в обоих направлениях экологии объектом исследования является живой организм или сообщество живых организмов во взаимосвязи со средой, то есть экология — наука биологическая. Эта наука фундаментальная, так как исследует в указанных аспектах все организмы (различают экологию мхов, грибов, водорослей, высших растений, человека), в отличие от наук таксономических, изучающих систематику животных, растений. Например, орнитология изучает только птиц, микология — грибы, лихенология — лишайники и т.д.
Углубление знаний о взаимосвязях организмов между собой, а также между организмами и окружающей средой привело к формированию помимо традиционного (классического) новых направлений в экологии:
глобальная экология раскрывает целостность биосферы как глобальной экологической системы и закономерности глобальных процессов;
социальная экология рассматривает взаимосвязи в системе "общество — окружающая среда" и их взаимовлияние;
геоэкология исследует структуры геосистем различного ранга и их изменения под влиянием деятельности человека;
экология человека изучает взаимоотношения человека со средой обитания, влияние экологических факторов на его жизнедеятельность и здоровье;
прикладная экология рассматривает закономерности формирования агроэкосистем, городов как своеобразных экологических систем; влияние техносферы на окружающую среду;
экологический мониторинг, под которым понимают систему наблюдения, оценки, анализа и прогноза состояния окружающей среды.