Кроме вертикальной различают горизонтальную структуру, или мозаичность. Она присуща всем биоценозам, которые расчленены на отдельные микрогруппировки, что обусловлено деятельностью человека, природными условиями, рельефом. Например, сосновые леса, занимающие пересеченный рельеф, будут представлены участками сосны (на повышениях) и березы (в понижениях). В степных и луговых биоценозах хорошо заметны микрогруппировки злаков, шалфея, некоторых сложноцветных. Все это особенно хорошо выделяется во время цветения растений, и луг представляется разноцветным ковром.
Экологическая структура характеризуется соотношением в биоценозе организмов разных экологических групп. В любом лесном сообществе обитают животные, отличающиеся по способу питания: листогрызущие, ксилофаги (разрушители древесины), травоядные, плотоядные. У растений одного биоценоза прослеживаются разные требования к условиям среды. Верхний ярус занимают светолюбивые растения, второй и третий — теневыносливые; в напочвенном покрове выделяют теневыносливые (копытень, фиалки) и тенелюбивые (кислица, мхи) виды. Различаются растения и по отношению к влаге. Среди них могут быть и ксерофиты (засухоустойчивые) и мезофиты (среднетребовательные к влаге). В зависимости от условий в биоценозах наблюдается преобладание организмов той или иной группы: например, на вершинах и склонах оврагов преобладают ксерофиты, а по тальвегу (линия, соединяющая наиболее пониженные участки) произрастают мезофиты. В ольховых лесах ксерофиты вообще отсутствуют.
Знание структуры биоценоза (видовой, пространственной, экологической) необходимо при планировании мелиоративных мероприятий, прогнозировании последствий хозяйственной деятельности человека, оценке устойчивости систем. Нетрудно было предвидеть, что осушение болот в Полесье приведет к коренному изменению видового состава этого региона, так как с понижением уровня грунтовых вод исчезают все влаголюбивые виды.
При создании на месте вырубленных новых лесонасаждений необходимо так подбирать древесные породы, чтобы между ними не возникла межвидовая конкуренция. Нельзя во второй ярус вводить светолюбивые породы, так как они погибнут от недостатка света.