В почвах, подверженных влиянию промышленных выбросов предприятий азотных удобрений, увеличивается биомасса и длина мицелия микромицетов.
Загрязнение тяжелыми металлами подавляет интенсивность аэробного дыхания — наиболее широко используемого показателя при измерении общей биологической активности почв. У. Смит в своем обзоре указывает на отрицательную корреляцию между выделением углекислого газа и концентрациями свинца, никеля, кадмия и ванадия. В экспериментах с добавками тяжелых металлов 1000 мг/кг почвы обнаружено отсутствие влияния цинка и существенное снижение выделения диоксида углерода под воздействием меди и никеля. Внесение 10 мг/кг кадмия снижало потребление кислорода и выделение углекислого газа на 40%, тогда как 0,01 мг/кг кадмия стимулировал потребление кислорода. При дозе 100 мг/кг лишь ртуть оказывала ингибирующее действие на выделение углекислого газа из хвойного опада, при дозе 1000 мг/кг уже все металлы, за исключением свинца, подавляли дыхание. Однако даже относительно высокие концентрации тяжелых металлов не снижали интенсивность дыхания в торфяных (10 000 мг/кг свинца) и глинистых почвах, обогащенных глюкозой и нитратом аммония (500 мг/кг свинца).