Поступление и накопление в почве фенольных соединений промышленных выбросов вызывает активизацию фенолоксидаз. Активность полифенолоксидазы повышается и при поступлении в почву фтористых соединений.
Изменения в составе почвенных микроорганизмов происходят и при загрязнении почв органическими соединениями. Под действием нефтяного загрязнения уменьшаются видовое разнообразие микроорганизмов, численность и биомасса почвенных водорослей. Основным экологически важным свойством микроорганизмов является способность усваивать углеводороды в качестве единственного источника углеродного питания, что способствует очищению среды от нефтепродуктов.
Скорость разложения растительных остатков, контролируя поступление питательных веществ, определяет первичную биопродуктивность лесов. Снижение скорости разложения потенциально может тормозить рост леса. Замедление разложения лесного опада и мобилизации питательных элементов может быть обусловлено как ростом устойчивости к разложению вследствие связывания ионов металлов коллоидами органического вещества, так и прямым токсическим воздействием ионов металлов на микроорганизмы и ферменты. Несмотря на определенную буферность почвы по отношению к попадающим в нее металлам, «перегрузка» почвы может полностью или частично блокировать течение многих биохимических реакций, изменять их направление и интенсивность, в результате чего возможен сдвиг в характерном для каждой почвы динамическом равновесии между синтезом и распадом. Сравнительно немного работ, посвященных непосредственно скорости разложения органического вещества, неоднозначно оценивают зависимость ее от загрязнения.