Пространственная выровненность участков изучаемого ельника позволяет рассматривать только вертикальные потоки вещества в почве экосистемы. В качестве нижней границы рассматриваемой почвенной системы принята глубина 40 см. Верхняя граница определяется поверхностью почвы, на которую поступает растительный опад. Единицей измерения расстояния по вертикали принят 1 см, единицей измерения времени — 1 сутки. Для определенности все экстенсивные и интенсивные величины модели отнесены к площади 1 м2.
Качественная структура описывает наличие или отсутствие связи между переменными модели. При описании качественной структуры модели в настоящее время широко применяется язык потоковых диаграмм. Округлые фигуры неправильной формы — внешние источники и стоки (атмосфера и грунтовые воды). Внешними переменными модели служат влажность почвы W(x, t), температура почвы Т(х, t), запас сосущих корней в почве R(x, t) и количество осадков PR(t), заданные как функции времени. На потоковой диаграмме они изображены эллипсами с символом переменной внутри. Прямоугольники на диаграмме соответствуют переменным состояниям модели, обозначающим запасы серы в рассматриваемых компонентах почвенной системы. Сплошными стрелками изображены потоки серы между резервуарами, пунктирными — потоки информации. Функции скоростей потоков серы между компонентами действуют как вентили, регулирующие величину потоков, и поэтому изображены в форме вентилей.
Аналитическая структура модели БГХЦ серы в почве лесной экосистемы содержит 9 функций переноса, которые количественно выражают зависимости скоростей потоков от количества этого элемента в различных компонентах и факторов окружающей среды — W, Т, отношения С : S в разлагающихся растительных остатках. Рассмотрим подробнее количественные соотношения, характеризующие наиболее важные процессы БГХЦ в почве.