В экологии традиционно выделяют два основных направления: аутэкологию (факториальная экология) и синэкологию (экология сообществ).
Аутэкология изучает взаимоотношения отдельных организмов (видов) со средой, например, каково значение природных факторов для роста сосны обыкновенной. Термин "аутэкология" ввел швейцарский ботаник К.Шретер в 1896 г. для обозначения экологии особей.
Синэкология изучает ассоциации популяций разных видов растений, животных и микроорганизмов (биоценозов), пути их формирования, взаимодействие с внешней средой, например, как влияют почвенные условия на видовой состав сосняков, их строение, производительность. Термин "синэкология" предложен К.Шретером в 1902 г.

Экология как наука основывается на холистическом (целостном) подходе к изучению наземных экосистем, при котором воссоздание общей картины важнее частных деталей. Еще в конце XIX столетия В.В.Докучаев призывал развернуть междисциплинарные комплексные исследования целостных природных систем. Изучая почвы, он пришел к выводу, что их образование — это результат взаимодействия биотических (растения, животные, микроорганизмы) и абиотических (температура, давление, радиационный фон, состав атмосферы и др.) факторов.